博物館の最も基本的な役割は、標本や文献、写真等の博物館資料を豊富に収集し、保管し展示することです。 また博物館資料やそれらを研究した成果等を、広くセミナー等の事業を通じて皆さんに還元すること、博物館資料に関する専門的な調査研究を行なうことも、重要な役割の一つです。 それらの役割を担うのが、36名の研究員が所属する研究開発部門です。「ひとはくに来れば、ひょうごの自然環境のことなら何でもわかる」を目指して、それぞれの専門分野で資料収集や研究を進めています。
●長岡桂助コレクション 但馬地域に分布する中新世の地層，北但層群産の貝類化石コレクションです．長岡氏は北但層群化石研究会の会員として，20年あまりにわたり北但層群から産する貝類，植物，魚類，甲殻類などのさまざまな化石を多数収集して来られました． この度，これらのコレクションのうち，整理の終了した800点の貝類化石をご寄贈いただきました．この中には2000年に発表された新種の化石腹足類，Ocinebrellus nagaokai Matsubara ＆ Amano, 2000（和名：ナガオカヨウラクガイ）のトポタイプも含まれており，学術的にも重要なものです．
●清水孝浩コレクション （ベンケイヤワラスゲのタイプ標本） 清水氏は兵庫県在住のスゲ属（カヤツリグサ科）の研究家で,これまでにカゴシマスゲやユキグニハリスゲなどの新種を発表 しておられます.今回、2009年3月に発行された日本植物分類学会の英文誌Acta Phytotaxonomica et Geobotanica 60号にてベンケイヤワラスゲ（Carex benkei Tak. Shimizu）という新種を発表され,その基準標本（アイソタイプ標本）を寄贈頂きました.
